Mercaptan neigt zu plötzlicher Entzündung. Es muss in geschlossenen Behältern transportiert werden. Steigt der Druck, besteht Explosionsgefahr. Auch mit warmer Umgebungsluft kann ein explosionsfähiges Gemisch entstehen.
Mercaptane Dämpfe können unsichtbar sein und sind schwerer als Luft. Sie breiten sich am Boden aus und können in Kanalisation und Kellerräume eindringen.
Auch bei Brand entstehen giftige Dämpfe. Brände dürfen nicht mit Wasser gelöscht werden.